对接 → 动力学 Agent
AutoDock Vina 串联 OpenMM · 全自动流程 · compute.maitux.ai
上传
等待
›
Vina 对接
待运行
›
构象确认
人工选择
›
OpenMM
待运行
›
报告
生成中
AutoDock Vina · 输入
分子对接受体 PDBQT
receptor.pdbqt
配体库
ligands.zip · 48 个配体
对接模式
自动识别口袋
保存全部构象
对接结果 · 选择进入 OpenMM 的构象
已选 2 个
勾选您认为结合模式合理的构象 · 参考：对接分数、关键氢键 / 疏水接触、与已知活性化合物的构象比对
| 配体 ID | 对接分数 | RMSD | Pose | 关键接触 | 结论 | 进入 MD | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| LIG-042 | −10.3 | 1.2 Å | Asp189↔NH · Val213 疏水 | 推荐 | 已选入 | ||
| LIG-017 | −9.7 | 0.9 Å | Ser190↔OH · Phe99 π-π | 推荐 | 已选入 | ||
| LIG-089 | −8.9 | 2.1 Å | Ser190↔OH · 弱疏水 | 待复核 | 未选入 | ||
| LIG-031 | −7.2 | — | — | 无显著接触 | 低于阈值 | 未选入 |
对接结果均不理想？直接上传已有复合物结构进入 OpenMM
OpenMM 分子动力学参数
分子动力学
水模型 (Water Model)
适用于大多数蛋白-配体体系
计算资源
T4 / A10 竞价实例
模拟盒子 (Simulation Box)
盒子形状
溶剂化边距 (Å)
离子浓度 (mol/L)
中性化系统
截八面体盒子比正方体节省约 30% 水分子数量，推荐用于蛋白-配体体系
系综与热力学条件
系综
温度 (K)
压力 (atm)
恒温器
生产模拟时长 (ns)
积分步长 (fs)
轨迹输出频率 (ps)
能量记录频率 (ps)
最小化与预平衡
能量最小化步数
NVT 预平衡 (ps)
NPT 预平衡 (ps)
预平衡阶段会对蛋白骨架施加位置限制，逐步释放后再进行生产模拟
配体小分子力场参数将由平台自动使用 GAFF2 生成，无需手动配置
Agent 运行日志
[09:12:04] 加载受体 receptor.pdbqt ···
[09:12:06] AutoDock Vina 启动，48 个配体入队
[09:14:33] 对接完成 · 结果已就绪，等待研究人员选择起始构象
[09:14:34] ⏸ 暂停 · 请在结果页选择进入动力学的构象后继续
[09:31:02] 收到确认 · LIG-042 pose-1, LIG-017 pose-2 → 提交 OpenMM
[10:08:44] 全部动力学模拟完成
[10:08:45] 发送邮件通知 · 正在生成 PDF 报告…
3D 结构可视化
LIG-042 已选
配体选择
LIG-042−10.3
ΔG −38.4 kJ/mol · RMSD 1.2 Å
推荐
LIG-017−9.7
ΔG −31.2 kJ/mol · RMSD 0.9 Å
推荐
LIG-089−8.9
ΔG −22.7 kJ/mol · RMSD 2.1 Å
待复核
NGL Viewer · 结合口袋
受体蛋白
配体
氢键
−10.3
kcal/mol
关键相互作用
氢键Asp189, Ser190
疏水接触Val213, Leu99
RMSD (100 ns)1.2 Å · 稳定
结合自由能 ΔG−38.4 kJ/mol
占据率
94%
动力学轨迹
稳定性
优
100 ns 内
任务历史对比
总任务数
5
本月
最优对接分数
−10.3
Run-C · LIG-042
平均耗时
58 min
含动力学模拟
Top 配体对比（受体 ACE2 · 三次实验）
| 配体 | Run | 对接分数 | ΔG (kJ/mol) | RMSD | 趋势 |
|---|---|---|---|---|---|
| LIG-042 | Run-C | −10.3 |
−38.4 | 1.2 Å | ▲ 最优 |
| LIG-017 | Run-C | −9.7 |
−31.2 | 0.9 Å | ▲ +0.6 |
| LIG-055 | Run-B | −9.1 |
−27.8 | 1.8 Å | ▼ −0.6 |
| LIG-023 | Run-A | −8.4 |
−19.3 | 2.4 Å | 基线 |
实验批次详情
Run-C
最新
配体库 v3 · AMBER14 · 100 ns
2026-06-17 · 48 配体 · 56 min
Run-B
配体库 v2 · CHARMM36m · 50 ns
2026-06-10 · 32 配体 · 41 min
Run-A
配体库 v1 · AMBER14 · 100 ns
2026-05-28 · 20 配体 · 63 min
通知与推送设置
邮件通知
scientist@rongmei-pharma.com
任务完成（附 PDF 报告）
任务失败或报错
每周汇总报告（周一）
主题：[compute.maitux] Run-C 完成 · Top 配体 LIG-042
本次虚筛共处理 48 个配体，3 个进入动力学模拟。附件包含完整 PDF 报告及轨迹文件下载链接。
本次虚筛共处理 48 个配体，3 个进入动力学模拟。附件包含完整 PDF 报告及轨迹文件下载链接。
最近推送记录
06-17 10:10
邮件
Run-C 报告已发送
06-10 09:02
邮件
Run-B 报告已发送
05-28 16:44
邮件
Run-A 报告已发送
参数模板库
快速筛选
常用刚性对接 · 50 ns · CPU · 适合快速预筛大配体库
刚性对接AMBER1450 nsTop-5阈值 −7.5
精准动力学
精度优先柔性对接 · 100 ns GPU · 适合候选化合物深度验证
柔性对接AMBER14100 nsTop-3阈值 −8.5
CHARMM 力场
自定义柔性对接 · CHARMM36m · 50 ns · 膜蛋白受体专用
柔性对接CHARMM36m50 nsTop-3
超长模拟
GPU 密集柔性对接 · 1000 ns · GPU · 蛋白–配体完整构象采样
柔性对接AMBER141000 nsTop-1阈值 −9.0