对接 → 动力学 Agent
AutoDock Vina 串联 OpenMM · 全自动流程 · compute.maitux.ai
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Vina 对接
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Agent 筛选
按阈值
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OpenMM
待运行
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生成中
AutoDock Vina
分子对接受体 PDBQT
receptor.pdbqt
配体库
ligands.zip · 48 个配体
对接模式
自动识别结合口袋
保存全部对接构象
OpenMM
分子动力学力场
时长 (ns)
阈值 (kcal/mol)
计算资源
仅 Top-N 配体进入动力学
Top N =
对接结果预览
| 配体 ID | 对接分数 | RMSD | 动力学 | ΔG (kJ/mol) | 结论 |
|---|---|---|---|---|---|
| LIG-042 | −10.3 | 1.2 Å | 已完成 | −38.4 | 推荐 |
| LIG-017 | −9.7 | 0.9 Å | 已完成 | −31.2 | 推荐 |
| LIG-089 | −8.9 | 2.1 Å | 已完成 | −22.7 | 待复核 |
| LIG-031 | −7.2 | — | 已跳过 | — | 低于阈值 |
Agent 运行日志
[09:12:04] 加载受体 receptor.pdbqt ···
[09:12:06] AutoDock Vina 启动，48 个配体入队
[09:14:33] 对接完成 · 4 个配体超过阈值 −8.5 kcal/mol
[09:14:34] Agent 决策 → 选取 Top-3 提交 OpenMM
[10:08:44] 全部动力学模拟完成
[10:08:45] 推送微信通知 · 正在生成 PDF 报告…
3D 结构可视化
LIG-042 已选
配体选择
LIG-042−10.3
ΔG −38.4 kJ/mol · RMSD 1.2 Å
推荐
LIG-017−9.7
ΔG −31.2 kJ/mol · RMSD 0.9 Å
推荐
LIG-089−8.9
ΔG −22.7 kJ/mol · RMSD 2.1 Å
待复核
NGL Viewer · 结合口袋
受体蛋白
配体
氢键
−10.3
kcal/mol
关键相互作用
氢键Asp189, Ser190
疏水接触Val213, Leu99
RMSD (100 ns)1.2 Å · 稳定
结合自由能 ΔG−38.4 kJ/mol
占据率
94%
动力学轨迹
稳定性
优
100 ns 内
任务历史对比
总任务数
5
本月
最优对接分数
−10.3
Run-C · LIG-042
平均耗时
58 min
含动力学模拟
Top 配体对比（受体 ACE2 · 三次实验）
| 配体 | Run | 对接分数 | ΔG (kJ/mol) | RMSD | 趋势 |
|---|---|---|---|---|---|
| LIG-042 | Run-C | −10.3 |
−38.4 | 1.2 Å | ▲ 最优 |
| LIG-017 | Run-C | −9.7 |
−31.2 | 0.9 Å | ▲ +0.6 |
| LIG-055 | Run-B | −9.1 |
−27.8 | 1.8 Å | ▼ −0.6 |
| LIG-023 | Run-A | −8.4 |
−19.3 | 2.4 Å | 基线 |
实验批次详情
Run-C
最新
配体库 v3 · AMBER14 · 100 ns
2026-06-17 · 48 配体 · 56 min
Run-B
配体库 v2 · CHARMM36m · 50 ns
2026-06-10 · 32 配体 · 41 min
Run-A
配体库 v1 · AMBER14 · 100 ns
2026-05-28 · 20 配体 · 63 min
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你的任务 Run-C 已完成 ✓
Top 配体：LIG-042（−10.3 kcal/mol）
动力学稳定性：优 · ΔG −38.4 kJ/mol
点击查看完整报告 →
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任务完成（附 PDF 报告）
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主题：[compute.maitux] Run-C 完成 · Top 配体 LIG-042
本次虚筛共处理 48 个配体，3 个进入动力学模拟。附件包含完整 PDF 报告及轨迹文件下载链接。
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最近推送记录
06-17 10:09
微信
Run-C 完成 · LIG-042 推荐
06-17 10:10
邮件
Run-C 报告已发送
06-10 09:01
微信
Run-B 完成
参数模板库
快速筛选
常用刚性对接 · 50 ns · CPU · 适合快速预筛大配体库
刚性对接AMBER1450 nsTop-5阈值 −7.5
精准动力学
精度优先柔性对接 · 100 ns GPU · 适合候选化合物深度验证
柔性对接AMBER14100 nsTop-3阈值 −8.5
CHARMM 力场
自定义柔性对接 · CHARMM36m · 50 ns · 膜蛋白受体专用
柔性对接CHARMM36m50 nsTop-3
超长模拟
GPU 密集柔性对接 · 1000 ns · GPU · 蛋白–配体完整构象采样
柔性对接AMBER141000 nsTop-1阈值 −9.0
积分与套餐
本月剩余积分
38
共 50 分 · 每月重置
已完成任务
5
本月
实际云成本
¥18.4
竞价实例节省 67%
积分余额
已用 12 分76% 剩余
AutoDock 对接
1 分 / 次
≈ ¥0.3 云成本
OpenMM 100 ns
3 分 / 次
≈ ¥2–5 云成本
完整流程
10 分 / 次
对接 + Top-3 动力学
基础版
免费 / 月
适合偶尔使用
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存储 5 GB
优先队列
推荐
科研版
¥99 / 月
活跃研究生
每月 300 积分
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优先 GPU 队列
课题组版
¥399 / 月
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最多 10 个账号
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